Образовано 29 сентября 2002 года по итогам собрания представителей религиозных организаций Красноярского края. Председателем объединенных организаций, муфтием Красноярского края был избран Гаяз Талгатович  Фаткуллин. В декабре 2002 года Центральная религиозная организация была официально зарегистрирована.

ЕДУМКК включает в себя 19 официально зарегистрированных религиозных организаций, 21 религиозную группу  и 16 мечетей по краю.  Состоит из следующих отделов: информационно-методический, исламского просвещения,  благотворительности, отдел информации, отдел строительства и капитального ремонта.

Ежегодно проводится съезд мусульман Красноярского края. Также ежегодно проводятся курсы повышения квалификации священнослужителей не только Красноярского края, но и Республики Хакасия и Иркутской области. В течение года проводятся вечерние курсы для желающих изучать арабский язык и основы ислама.

С 2001  года  на базе ЕДУМ КК функционирует воскресная школа, которую одновременно посещают более 200 учащихся, представители разных возрастов и национальностей.

ЕДУМ КК ежегодно направляет более 50 паломников в хадж. Совместно с ГУФСИН по Красноярскому краю проводятся нравственно-воспитательные работы с заключенными исправительных колоний и тюрем, исповедующих ислам.

С 2009 г. функционирует официальный сайт Единого духовного управления мусульман Красноярского края www.islamsib.ru.