Духовное управление мусульман Новосибирской области в составе ДУМ Сибири (Омского муфтията) создано в 2006 году на базе МРО Новосибирской области.

Централизованная структура под руководством муфтия Накипа Шакирзянова объединяет две мечети в областном центре, третья мечеть на стадии строительства, и большую часть сельских мусульманских организаций региона. Общины РДУМ действуют в Убинском, Барабинском, Чановском, Искитимском, Колывановском районах, городах Бердск, Татарск, селе Кыштовка.

Резиденция РДУМ Новосибирской области размещается при комплексе Соборной мечети на улице Красина 58/1, построенной в 1998 году при финансовой помощи благотворительного фонда «Хиляль» под руководством Р.Баязитова, предпринимателей Т.Галеева, М.Фиткуллина и областной и городской администраций, и пожертвований верующих.

Имам-хатыбами соборной мечети являются сыновья муфтия: Салим Шакирзянов и Абдуллхамид Шакирзянов. Духовное управление издает газету «Истина в Сибири», в которой публикуются вопросы вероучения, имеет страницу в сети интернет http://www.islamsib.com/.