Центром ДУМАЧР в Томской области является МРО «Первая соборная Красная мечеть», зарегистрированная в 1997 году под руководством Низома (Низамутдина) Жумаева.

В 1999 году с созданием ДУМАЧР в состав новой структуры вошли шесть мусульманских организаций Томской области – МРО «Первая соборная Красная мечеть», общины «Танзим» и «Асхаб» г. Томска, МРО «Ихсан» д. Эушта, МРО «Дин» д. Тахтамышево. Было заявлено о создании Томского казыята, однако Казыятское управление юридически не регистрировалось.

Резиденция ДУМАЧР в Томске размещается в корпусе дореволюционной мусульманской школы на улице Татарская, 22, являющейся частью комплекса «Первая соборная Красная мечеть». В августе 2000 года здесь открылся первый в Сибири исламский колледж, который по финансовым причинам, а также в связи с информационной войной в соседних регионах против ДУМАЧР, просуществовал недолго. В период открытия колледж получил по линии благотворительных фондов богатую учебную литературу.

В состав ДУМАЧР впоследствии вошла МРО «Исламская община» д. Черная речка Томского района и религиозная группа мусульман районного центра село Кривошеино.

В 2009 году Низамутдин Жумаев указом главы ДУМАЧР был назначен муфтием Томской области в системе ДУМАЧР. В декабре 2011 года исламский комплекс «Первая соборная Красная мечеть» посетила делегация из Чеченской республики. Визит в Томск был организован по инициативе президента Чечни Рамзана Кадырова, который изъявил желание помочь с восстановлением Красной мечети.