Создано 1788 г. указом Екатерины II с целью «испытания» лиц духовного звания и отбора среди них «благонадежных» в качестве Уфимского духовного магометанского собрания. В 1796 году переименовано в Оренбургское магометанское духовное собрание.

Полномочия Духовного собрания первоначально распространялись на территорию Уфимского наместничества и Оренбургской губернии. Позднее к сфере его деятельности была отнесена вся территория России, за исключением Крыма и Закавказья. В 1846-1917 гг. оно называлось Оренбургское Магометанское Духовное Собрание (ОМДС).  

В годы советской власти этот духовный орган продолжал действовать, но уже под другими названиями: в 1917 г. его переименовали в ЦДУМ Внутренней России, Сибири и Казахстана, в 1948 г. - в ДУМ Европейской части СССР и Сибири (ДУМЕС). К 1988 г. в ведении ДУМЕС насчитывалось лишь 142 официально зарегистрированные мусульманские общины. С июня 1980 г. Духовное управление возглавляет муфтий Талгат Таджуддин, занимающий данный пост пожизненно.

В начале 1990-х гг. на волне суверенизации начался процесс распада ДУМЕС на независимые региональные духовные управления. В августе 1992 г. возникают ДУМ Республики Башкортостан, ДУМ Республики Татарстан, ДУМ Саратовской, Волгоградской и Пензенской областей. Новые организации возглавили молодые деятели ДУМЕС. В дальнейшем процесс распада ДУМЕС продолжился: к началу 1993 г. на территории РФ без Северного Кавказа было более тысячи мусульманских общин, из них примерно 550 оставались в ведении ЦДУМ и 450 – относились к независимым региональным ДУМам.

В феврале 1999 г. в связи с образованием Высшего координационного центра ДУМ России (ВКЦ ДУМР) с центром в Москве ДУМЕС был переименован в управление с современным названием. Устав его зарегистрирован в Министерстве юстиции России 8 апреля 1994 г.

В ЦДУМ входят региональные Духовные управления мусульман Астраханской, Волгоградской, Кировской, Оренбургской, Ростовской, Самарской, Свердловской, Ульяновской, Челябинской и Курганской областей, ДУМ Санкт-Петербурга и Ленинградской области, ХМАО, республик Мари-Эл, Удмуртии, Чувашии и др. субъектов РФ.

Руководящий орган управления – Президиум ЦДУМ, председателем которого является верховный муфтий Талгат Таджуддин. Заместителями Т.Таджуддина являются: председатель ДУМ Чувашии Альбир Крганов, председатель Регионального духовного управления мусульман Челябинской и Курганской областей Ринат Раев, РДУМ ХМАО-Югры Тагир Саматов.

Резиденция Верховного муфтия находится в Уфе. В Уфе располагается также Российский исламский университет (http://rio.bspu.ru/), учрежденный ЦДУМ.