Создано в августе 1992 года в Уфе. Считается правопреемником Духовного управления мусульман Башкурдистана, созданного в декабре 1917 года. Председателем с момента создания в 1992 году является Нурмухаммет Нигматуллин.

ДУМ РБ объединяет более 300 местных религиозных организаций и мечетей в районах республики и Уфе. В структуре ДУМ РБ действуют 13 мухтасибатов (без регистрации юр.лица), взаимодействующих с общинами на местах.

ДУМ РБ является учредителем трех среднеспециальных мусульманских учебных заведений: медресе им. Марьям Султановой (Уфа), медресе «Галия» (Уфа) и медресе «Нур-Аль-Иман» (Стерлитамак).

Муфтият располагается в Уфе в здании по ул. Чернышевского, 103, которое было подарено Духовному Управлению от АНК «Башнефть» и торжественно открыто после реконструкции 24 июня 2009 года.

Председатель ДУМ РБ имеет двоих заместителей: заместитель председателя ДУМ РБ по образованию, международным связям и связям с общественностью – Руслан Саяхов и заместитель председателя ДУМ РБ Аюп Бибарсов. В структуре ДУМ РБ создан также молодежный отдел (рук. – Айнур Арсланов), отдел по организации хаджа (рук. - Алия Ахметова), информационно-аналитический отдел (Ильгиз Валеев) и Комитет по стандарту "Халяль" (рук. – Ильшат Гизатуллин).

ДУМ РБ издает газету «Рисалят - Послание». Официальный сайт – www.dumrb.ru. Сайт мечети Ихлас при ДУМ РБ – www.ihlasufa.ru.