Первые вольные поселенцы из числа татар и башкир в Иркутской губернии появились в начале XIX века. Согласно переписи 1835 года, в городе Иркутске, ставшем вторым после Тобольска губернским центром Сибири, проживало около 350 мусульман.

В связи с политикой ускоренного развития Сибири, после крестьянской реформы 1960 года, численность мусульман в Иркутской губернии, выходцев из регионов Поволжья и Приуралья, особенно увеличивается, и в 1897 году достигает цифры 7599.

Крепкие, выносливые, дисциплинированные переселенцы корчевали лес под пашню, строили железную дорогу, поселки. Трудолюбивые «магометане» внесли огромный вклад в освоение сурового края. Предприимчивые татарские купцы, «торгуя с колес», проникали из Иркутска в Якутию, к эвенкам и бурятам.

Первые мечети появились в деревнях Биликтуй и Новоямская (Пивовариха) Иркутского уезда к середине 19-го столетия. Об этом информирует Иркутский губернский статистический комитет в отчете за 1866 г. Сведения о точной дате строительства мечети в Биликтуй не сохранились, о мечети Новоямской известно, что ее построил на частные средства в 1847 году казанский мещанин Амир Касимов.

Число мусульман из года в год в Иркутской губернии росло, как за счет естественного прироста, который был высоким, так и за счет прибытия новых переселенцев с европейской части империи. К концу XIX века возникла острая потребность в строительстве мечети и медресе в губернском центре, мусульманам которого приходилось ездить на религиозные праздники в мечеть Новоямской. На духовные запросы единоверцев живо откликнулись братья Шейхулла и Заидулла Шафигуллины, выходцы из Казанской губернии, пожертвовав для мечети принадлежащую им городскую усадьбу с постройками на улице Саломатовской (ныне Карла Либкнехта).

Наибольшим авторитетом в городе пользовался Шейхулла-хаджи Шафигуллин, купец 2-й гильдии, член городской думы, обладатель наград: «Знак отличия Святого Георгия 4-й степени», «За усердие в общественной деятельности», «300 лет Дома Романовых», «Участник русско-турецкой войны».

В течение семи лет мусульмане добивались разрешения на строительство мечети. В 1895 году губернские власти провели очередную перепись, который показал, что мусульман в городе насчитывается 596 человек. Зимой 1897 года разрешение на приспособление одного из домов усадьбы под мечеть было получено  и утвержден проект реконструкции. В короткие сроки мусульмане возвели минарет, переоборудовали одной из строений, и к лету того же года мечеть открыла свои двери для мусульман губернского центра. Первым имамом ее стал Гариф Баймуратов, прибывший в Иркутск в качестве указного муллы в 1890 году.

Небольшая деревянная мечеть в Иркутске не могла удовлетворить запросы городского мусульманского населения, но она сыграла большую роль в сплочении общины, через нее был организован сбор средств для строительства новой, более просторной и каменной мечети на этой же территории, предоставленной братьями Шафигуллиными.

Строительство новой мечети, выполненной из обработанных массивных блоков природного камня, было завершено в 1902 году. Мечеть с высоким изящным минаретом стала центром общественной, культурной и религиозной жизни мусульман. При исламском комплексе работала библиотека, медресе, приют для сирот и инвалидов, благотворительная столовая для бедных. В мечеть на губернские собрания стекались мусульмане со всего региона.

В начале XX века мусульманская община раскололась на две группы, причиной тому стали разногласия между муллой Гарифом Баймуратовым и благотворителем Шейхуллой Шафигуллиным относительно системы исламского образования. Купец настаивал на изменении учебной программы в связи с новыми веяниями, был сторонником джадидизма, мулла придерживался старых принципов работы. Итогом противостояния стало появление двух мусульманских школ с разной методикой преподавания. Гариф Баймуратов обучал детей в медресе при мечети, Шейхулла Шафигуллин организовал школу в частном доме по улице Горной. 

С установлением советской власти, в годы гонений на религию, местные партийные органы неоднократно предпринимали попытки закрыть мечеть, но к чести мусульман Иркутска, благодаря сплоченности общины, авторитету аксакалов, верующим удалось отстоять право на проведение молитв при мечети. Часть помещения была передана посторонним организациям (ДОСААФ, автошколе, коммунальное жилье), не удалось сохранить минарет, но основной зал остался за мусульманами. Несмотря на высокие налоги, партийный пресс, особенно в 60-70 годы с усилением антирелигиозной борьбы, верующие смогли сохранить за собой мечеть.

С началом перестройки в СССР в середине 80-х годов мусульманам вернули все прежние помещения и строения исламского комплекса. В 1997 году в Иркутске прошла научно-практическая конференция, посвященная 100-летию городской мечети. Имамом, главой мусульманской общины в этом году стал Фарид Мингалеев, получивший религиозное образование в медресе «Мухаммадия» в Казани. До него религиозной жизнью мусульман Иркутска руководили пенсионеры Хучахмат Юсупов, Галиахмат Мухаммадиев.

В 1999 году Иркутская мечеть стала центром Байкальского казыята ДУМАЧР во главе с казыем Фаридом Мингалеевым. В состав централизованной организации в первый год деятельности вошли общины мусульман Ангарска, Усолье-Сибирского, Залари, Тайшета, Усть-Илимска, в 2000 году - община Братска..

В 2006 году централизованная организация мусульман Иркутской области вышла из состава ДУМ Азиатской части России и перерегистрировалась в качестве самостоятельного Духовного управления мусульман Иркутской области (Байкальский муфтият). По данным, предоставленным ДУМРФ муфтием Ф.Мингалеевым, в настоящее время Байкальский муфтият объединяет более десяти мусульманских организации и религиозных групп, в области насчитывается 7 мечетей, проживает более 100 тысяч мусульман. Численность приверженцев ислама ежегодно увеличивается за счет миграции из Средней Азии и Кавказа.

Галимов А. В былом величии. На карте России Иркутск. «Мусульмане Сибири, №1 (2), ноябрь 1999 г. Бобкова Г.  Мусульманская община Иркутска в конце XIX - начале ХХ в. http://mion.isu.ru/filearchive/mion_publcations/sb-confess/4_8.html Заболотская Р. Нам для работы нужно немного…. «Мусульмане Сибири», № 5 (6) март 2000 г. Изъявила желание войти в Байкальский казыят. «Мусульмане Сибири», № 17(18), октябрь 2001 г.

Калиль Кабдулвахитов