Первая в истории Магаданской области мусульманская организация возникла в городе Сусуман в 600 километрах от областного центра. Основали общину правоверных представители ингушской диаспоры, с советских времен работавшие на золотодобывающих предприятиях в бассейне реки Колымы. Местная религиозная организация «Сусуманская исламская мечеть» (руководители Салаудин Нальгиев, Хусейн Мальсагов) получила официальную регистрацию 17 января 2001 года, однако впоследствии, в 2010 году, по решению суда была ликвидирована как юридическое лицо в связи с непредставлением налоговой отчетности. С тех пор община действует в качестве религиозной группы, имеет молитвенный дом по улице Портовая, 12.

Мусульманская организация в областном центре городе Магадан появилась в 2006 году на базе областной татаро-башкирской общественной организации "Алтын-Ай", основанной в 1999 году потомками переселенцев из Татарстана и Башкирии времен освоения Колымского края. В начале нулевых годов религиозные мероприятия проводились татаро-башкирским обществом. После посещения Магадана в 2005 году полпредом президента России в Дальневосточном Федеральном округе Камилем Исхаковым администрация города предоставила татаро-башкирской общине участок для строительства мечети, который затем был изъят обратно.

Местная мусульманская религиозная организация «Приход мечети г.Магадан» в составе Казанского муфтията получила официальный юридический статус 13.12.2006 г. Председателем ее был избран депутат городской Думы, руководитель татаро-башкирского общества «Алтын-Ай» Рафаэль Фатыхов. В 2007 году Казанский муфтият направил в Магадан имам-хатыбом выпускника Российского Исламского университета Казани Халима Шамсутдинова. До него община не имела своего религиозного лидера.

В 2009 году администрация Магадана предоставила мусульманской организации новый участок для строительства мечети – на возвышенном месте у морского порта. Это вызвало негодование со стороны местных националистов, которые выступили в городской газете «Вечерний Магадан» письмом против строительства мечети. В нем говорится: «Если там, на возвышении, встанет этот архитектурный ансамбль, то входящие в бухту Магадана корабли будут встречать «нависающие» над панорамой побережья мечеть и высокая башня минарета. Не исключено, что моряки будут удивляться: Магадан – мусульманский город?». (http://www.vmagadan.ru/index.php?newsid=2736)

Летом 2011 года на отведенном участке состоялась церемония символической закладки первого камня на месте будущей мечети. Проект мечети к сегодняшнему дню готов, но нет разрешения на строительство. Противники строительства мечети предлагают провести общественные слушания относительно предоставления мусульманам участка на возвышенном месте у порта и изъять землю.

ММРО «Приход мечети г.Магадан» занимает три комнаты на цокольном этаже пятиэтажного жилого дома по адресу улица Пролетарская, 46, здесь же в соседних помещениях размещается общество «Алтын-Ай». Одна из комнат служит молитвенным залом для проведения джума и других предписанных намазов. На время праздничных намазов на Уразу-байрам и Курбан-байрам мусульманская организация арендует площади в других районах города. При ММРО третий год действует воскресная школа по изучению основ ислама, арабского, татарского, башкирского языков.